ASTROBIOLOGÍA: Evolución y relojes moleculares
ALINEAMIENTO MÚLTIPLE DE SECUENCIAS DE ADN Y PROTEINAS PDF Imprimir E-mail
Escrito por Administrator   
Domingo, 08 de Mayo de 2016 11:41

 

ALINEAMIENTO MÚLTIPLE DE SECUENCIAS DE ADN Y PROTEINAS

Una de las actividades que hemos de saber realizar, para comparar secuencias y establecer relaciones evolutivas y filogenéticas es el alineamiento de secuencias de ADN y proteínas.

Si comparamos:

5'-AATGTCATGCGCTGAATCCCCCC-3'

5'-AAGGTCTTGCCCT-AATGCCCCC-3'

Nos podemos encontrar que tengan diferente longitud, esto es debido a que o bien han incorporado o perdido algún nucleótido. Por lo tanto lo primero es identificar dónde están estas posibles deleciones o inserciones. Así nos podemos encontrar:

Matches: la misma base en las dos (no se ven en la comparación, están en negro)

Mistmatches: base diferente en cada secuencia (color rojo)

Gaps: representados por guiones se produce un inserción o deleción

Para realizar de forma automática estos alineamientos se utiliza el programa ClustaIX que nos puede permitir la construcción de árboles filogenéticos a partir de las secuencias alineadas. Este programa reconoce siete formatos diferentes de ficheros con secuencias de ADN y de proteninas tales como NBRF/PIR, EMBL/SWISSPROT, FASTA, etc.

Para la realización de una práctica sencilla usaremos el modo MÚLTIPLE ALIGMENT MODE, usaremos un FILE tipo FASTA, seleccionando LOAD SEQUENCES, navegando en los directorios, descargamos el fichero de entrada, nos encontraremos con la siguiente ventana

 

A continuación se realiza el alineamiento múltiple, primer se comparan dos a dos y a continuación se construye un dendograma que agrupa por similitud de forma parecida a un árbol filogenético. Se selecciona la opción PRODUCE GUIDE TREE ONLY, en este caso solo intentaremos obtener un árbol de referencia obviando la construcción del alineamiento múltiple.

Así nos encontraremos:

 

Los nucleótidos aparecen coloreados con un histograma que aparece por debajo que indica el grado de similitud entre las secuencias alineadas en cada posición

Podemos encontrar los siguientes con la opción do complete alignment:

y realizar un dendograma del tipo

Así con el programa NJPLOT podemos establecer el siguiente dendograma:

 

Sintetizado del manual de prácticas de la Facultad Ciencias Granada.

Última actualización el Domingo, 08 de Mayo de 2016 12:37
 
PRESENTACIÓN PDF Imprimir E-mail
Escrito por Administrator   
Miércoles, 04 de Mayo de 2016 00:00

Esta comunidad virtual tiene como objeto la difusión, entre los alumnos y profesionales de la Educación Secundaria, de aquellos aspectos ligados a la biología y la genética molecular, así como a la ecología que tienen que ver con la Astrobiología. Consta de varias secciones: enlaces, artículos, acceso a recursos, etc. La perspectiva es que poco a poco se vaya enriqueciendo con las aportaciones de diferentes colectivos, partiendo de esta pequeña y humilde semilla que ahora se siembra en la red. Inicialmente se presenta como trabajo encomendado en el CRIFT de Las Acacias dependiente de la COMUNIDAD DE MADRID. Agradecer esta oportunidad que hemos tenido, junto a otros profesores de Secundaria, de disfrutar de las ponencias dictadas por Ester Lazaro, del INTA, Ramón Rosello Mora del Institut Mediterrani d'Estudis Avancats (CSIC-UIB) y Carlos Briones investigador del Laboratorio de Evolución Molecular del centro de Astrobiología de Madrid.

 

Esta web está organizada por Julián José Martínez Bañuelos, profesor y director en el Instituto Atenea de Alcalá de Henares, su trabajo se extiende también hacia la innovación educativa desde los años 90 cuando obtuvo uno de los primeros proyectos de colaboración (hoy desaparecidos) entre la Universidad y los centros de Secundaria dedicando dicho trabajo al estudio de la flora urbana, especialmente en el recinto del IES Antonio Machado. Prosiguió su trabajo aplicando, entonces en una incipiente Internet, las nuevas tecnologías con relación al concepto Naturaleza urbana desde una perspectiva humanista y centrado siempre en la ciudad de Alcalá de Henares, ha desarrollado trabajos en redes sociales mucho antes de la existencia de Facebook.

En el 2002 obtiene el grado de Doctor Sobresaliente cum laude por unanimidad con la tesis "Biocenosis.com, diseño, desarrollo, implementación y evaluación". A sus cincuenta y dos años ya ha dedicado a la docencia casi tres décadas como profesor de Secundaria, habiendo sin embargo también, impartido docencia como formador de formadores para diversos foros e instituciones, utilizando las redes en el desarrollo docente y discente. Publica y expone sus trabajos en revistas, libros y congresos, representando en numerosas ocasiones al IES Atenea y a la ciudad de Alcalá de Henares en eventos como la Feria de la Ciencia, Aula, etc. Ha coordinado proyectos de desarrollo de materiales educativos para el Instituto de Tecnologías Educativas. Finalista,  en tres ocasiones en el  concurso: " Investiga a través del entorno y exponlo". Obtuvo el Premio Nacional de Blogs Educativos 2009 creando el portal de ecología biotopo.com. Ha sido finalista y mención honorífica en el Premio Nacional de Innovación Educativa en el 2010  culminando su trabajo en el 2013  con el XXVIII Premio Giner de los Ríos por el trabajo "Imagina Alcalá, aprender a emprender, un parque temático y sostenible para el Henares".

 

Última actualización el Domingo, 08 de Mayo de 2016 12:28
 
Valid XHTML & CSS | Template Design LernVid.com and ah-68